MES系统具有承上启下作用的功能，可以帮助制造企业实现智能制造升级，实现从需求到生产再到交货的智能工厂计划的闭环控制，从而大大提高生产效率。
但生产环节不仅需要解决生产效率问题，而且还需要满足市场不可预测的需求。智能工厂的显著特点是生产系统变得更加灵活和可重构，这就要求相关生产系统的属性和参数能够灵活及时地改变，这些因素也对MES提出了更高的要求。
MES系统可以帮助制造企业实现对整个生产过程的可追溯性和实时控制，提高生产能力，降低供应链成本，提高生产线运行效率；同时，通过业务单位之间的集成与合作，实现产业集群中业务部门之间的横向开放，优化业务流程，提高运营效率，使企业的经营管理更加精细化。
当然，MES系统的作用不仅在于提高生产过程的透明度、提高效率、降低成本和改善业务流程，更重要的是，MES系统在智能工厂中起着神经系统的作用。MES系统是智能工厂的‘神经系统’。只有充分发挥MES系统在制造企业中连接和相互连接的作用，智能工厂才能真正运行。
可以说，MES系统通过上下集成，可以提供生产信息数据共享，便于内部管理和可追溯性分析，实现生产数据的可视化和数据分析图表的显示。通过历史库存分析、物料追溯分析、生产率分析等维度的报表，不断改进生产线，充分满足企业、生产和管理决策的要求；通过与外部客户信息系统的集成，积极支持仓库、生产线物流配送，实现现场可视化和预警，帮助管理查询、统计分析数据，为决策提供严格可信的数据基础。
MES系统是数字化生产制造管理的基础，MES系统能够自动收集和分析生产、工艺、材料、设备、质量等信息，一方面为确定最佳工艺参数、准确高效的决策和可持续创新提供了依据；另一方面，用户可以根据自己的需要，通过互联网自动查询相关的生产信息和测试结果，这种产品数据查询极大地增强了用户对产品使用的信心，解决了用户在选择产品时对产品质量的关注等问题。
